Nature:全新致癌机制,一般说来驱动异常染色质成环,促进癌症发展

2022-02-21 01:00 来源:白银妇科医院

白血病的持续发展与载本体胺基酸内在无序区都从(IDR)的基因序列所致密切具本体。各种胺基酸(除此以外基因序列传达因子、丝氨酸调节剂和RNA相结合蛋白)中都的IDR通过水银-水银交叉(LLPS)产生凝聚物,直接影响从细胞器产生和刺激空腹到基因序列基因序列传达的无数有机本体现实生活。

所谓的水银-水银交叉(LLPS)是同义融为一本体两个不具本体病变的现实生活。该现实生活时有发生在细胞核内,并能够产生具有各种生物学特普遍性的都从,这些都从可以促成白血病,例如急普遍性帕金森氏症的时有发生持续发展。在急普遍性帕金森氏症中都,动物细胞蛋白(NUP98或NUP214)的反复染色本体易位产生了一种所致融为一本体本体,它总是保存动物细胞蛋白 IDR——苯丙氨酸和甘氨酸残基(FG)的串联分散重复碱基。然而,IDR如何加剧基因序列错误调控和时有发生尚为不清楚。

2021年6同月23日,北卡罗莱纳大学杜克大学分校 Gang Greg Wang 制作团队等 Nature 发表了题为:Phase separation drives aberrant chromatin looping and cancer development 的数据分析论文。

该数据分析展示出交叉是白血病产生的传动装置因素,白血病通过交叉获得突变以建立致癌基因序列传达因子凝聚物,这同时加强了它们的基因序列组载本体普遍性并在转化现实生活中都诱导所致三维空间丝氨酸结构的产生。该数据分析是更早将交叉与白血病产生连系起来的数据分析之一。因为在其他恶普遍性中都观察到了类似的基因序列融为一本体,文章中都阐明的机制也可以表述其他子类的白血病。

NUP98–HOXA9包含两个胺基酸基序和一个相结合碱基。为了数据分析NUP98-IDR在帕金森氏症时有发生中都的功用,数据分析制作团队主要适用敲除了相结合碱基的NUP98-HOXA9(N-IDRWT/A9)。

他们注意到,N-IDRWT/A9对1,6-己二醇(一种用于严重破坏都与-交叉凝聚本体的糖类)处理脆弱。转化的NUP98-IDR(N-IDR)蛋白在本体外产生水银本体凝聚物。

为了进一步风险评估FG重复碱基对凝聚物产生的浓度依赖普遍性和多价普遍性的层面,数据分析制作团队制取了含不同需求量FG重复碱基的分拆N-IDR胺基酸。他们注意到N-IDR包含38个或36个FG以浓度依赖普遍性的方式重复产生的水银滴,那些包含27个或11个FG的却不能进行交叉。表明NUP98–HOXA9中都的IDR以价依赖和浓度依赖的方式建立LLPS。

NUP98–HOXA9通过同源结构都从与DNA相结合,加剧帕金森氏症时有发生现实生活中都的基因序列失调。接下来,数据分析制作团队通过丝氨酸免疫沉淀和高通量测序来风险评估IDR酪氨酸的交叉对NUP98–HOXA9丝氨酸载本体普遍性的直接影响。

近期, N-IDRWT/A9具有纯着加强的基因序列组占有率,而与无监督聚类定义的峰值亚类也就是说。此外,宽而密集的时是加强子样峰是N-IDRWT/A9所有别于的,并且在发育期和帕金森氏症具本体基因序列富集。

为了进一步风险评估IDR诱导的LLPS在不都与关的丝氨酸载本体中都的功用,他们借助了遗传学和药学的工具,展示出IDR酪氨酸的LLPS在加强嵌合基因序列传达因子载本体普遍性方面的任何事物功用,特别是在时是加强子样峰处看到的那些。表明IDR加强融为一本体本体的基因序列组相结合并且加强靶基因序列激活。

为了测试NUP98–HOXA9通过LLPS产生丝氨酸可逆的能力,数据分析制作团队生成了传达N-IDRWT/A9或N-IDRFS/A9细胞的Hi-C图集,揭示了DNA可逆和复制之间的高度具本体普遍性。

为了确定N-IDRWT/A9对Hi-C沾染频率的直接影响,他们聚集了N-IDRWT/A9-和N-IDRFS/A9传达细胞中都500个最倾向的N-IDRWT/A9占据位点之间的都与互功用计数。近期,N-IDRWT/A9可逆以基本上与CTCF也就是说的方式产生,与交叉传动装置机制都与反。另外,N-IDRWT/A9特异普遍性可逆再都与连加强子和靶基因序列之间的都与连,支持了融为一本体基因序列传达因子的IDR通过交叉在时是加强子样各种因素和癌基因序列之间诱导DNA可逆的见解。

综上所述,该数据分析注意到NUP98–HOXA9中都含的LLPS活普遍性IDR对帕金森氏症的时有发生和致癌基因序列传达机制的激活至关重要。这些现象由IDR的能力酪氨酸:1)加强基因序列传达因子与基因序列组各种因素的相结合;2)促成加强子和癌基因序列启动子之间的长距离可逆。

该数据分析发放了一个致癌突变的基本原理普遍性证据,该突变在转化现实生活中都促成LLPS传动装置的基因序列传达因子相结合和3D丝氨酸分拆。由于含IDR的LLPS活普遍性分子与广泛的白血病有关,该数据分析阐明的机制也可以表述其他子类的白血病。

原始说是:

Ahn, J.H., Dis, E.S., Daugird, T.A. et al. Phase separation drives aberrant chromatin looping and cancer development. Nature (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-03662-5.

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